Mặc dù có vị trí trên cao độc đáo, chùa Tokudaiji vẫn kết hợp các yếu tố vườn Nhật Bản truyền thống. Giếng hoặc bồn đá này được che bằng "Yarai-futa (nắp tre)," một cách thiết thực nhưng đẹp mắt để bảo vệ nước thiêng được sử dụng cho các nghi lễ thanh tẩy. Ngọn tháp đá thu nhỏ và cây xanh tươi tốt ở phía sau tạo nên sự tương phản tự nhiên tươi mới với bê tông và đèn neon của khu Ueno xung quanh, mang đến cho du khách một khoảnh khắc bình yên.