Shitenno-ji có bố cục đường thẳng độc đáo, nơi Saijumon (Cổng Giữa), Gojunoto (Chùa Năm Tầng) và Kondo (Kim Đường) thẳng hàng hoàn hảo. Thiết kế cổ xưa này vẫn không thay đổi trong 1.200 năm. Kondo đóng vai trò là trung tâm tâm linh, nơi chứa Kyuse Kannon, một hiện thân của người sáng lập ngôi chùa.