Kiến trúc của Honden được xác định bởi phong cách Nagare-zukuri (chảy) mang tính biểu tượng, nổi bật với mái cong bất đối xứng kéo dài về phía trước để che chắn hiên nhà linh thiêng. Mái nhà bằng vỏ cây bách phong hóa và các khớp nối bằng gỗ lồng vào nhau thể hiện nghề thủ công Nhật Bản cổ đại được thiết kế để bảo vệ bộ ba đền thờ bên trong mà không cần sử dụng một chiếc đinh nào.